کلیسای یزد، یکی از نهادهای مذهبی و فرهنگی مهم در استان یزد است که تاریخچهای غنی و پربار دارد. این کلیسا با قدمتی نزدیک به یک قرن، نه تنها به عنوان یک مکان عبادت بلکه به عنوان مرکزی برای خدمات اجتماعی و انساندوستانه شناخته میشود.
ورود کشیش ناپیر مالکوم در آبان ماه 1277 خورشیدی (1898 میلادی) به یزد، نقطه آغاز فعالیتهای کلیسا بود. این کشیش با همکاری انجمن مبلغان مسیحی، اقدام به راهاندازی کلیسای یزد کرد. پیش از تأسیس کلیسا، فعالیتهای انساندوستانهای نظیر تأسیس بیمارستان مرسلین و ایجاد مدرسه در منطقه گازرگاه آغاز شده بود که نشاندهنده تعهد مسیحیان به خدمات اجتماعی در این منطقه بود.
در سال 1319 خورشیدی (1938 میلادی)، سیل شدیدی در یزد به وقوع پیوست که منجر به تخریب بخشهای زیادی از شهر و از جمله کلیسای یزد شد. این حادثه طبیعی نه تنها ساختمان کلیسا را تحت تأثیر قرار داد بلکه موجب تغییرات اساسی در محل استقرار آن نیز گردید.
پس از تخریب کلیسا، تصمیم بر آن شد که کلیسا به خیابان شهربانی (حضرت مهدی عج) منتقل شود. این انتقال به همراه مرمت و بازسازی کلیسای قدیم، فرصتی برای احیای دوباره این مرکز مذهبی فراهم آورد. کلیسا پس از مرمت، به فعالیتهای خود ادامه داد و به مکانی برای تجمع مسیحیان و ارائه خدمات اجتماعی تبدیل شد. کلیسای یزد با تاریخچهای پربار و خدمات انساندوستانه، نقش مهمی در زندگی اجتماعی و فرهنگی این منطقه ایفا کرده است. از تأسیس آن توسط کشیش ناپیر مالکوم تا تخریب در سیل 1319 خورشیدی و بازسازی بعدی، این کلیسا همواره نماد تعهد جامعه مسیحی به خدمترسانی و فرهنگسازی بوده است.