واقعه تهاجم افغان‌ها به مهرپادین نمایانگر بخشی از فجایع ناشی از حملات افاغنه به ایران در اواخر دوره صفوی است که معمولاً در منابع تاریخی کمتر به آن پرداخته شده است. بر اساس روایت برخی کهنسالان مهرپادین که این داستان را از پدران خود نقل می‌کنند، مردم مهرپادین هنگام هجوم افغان‌ها با اموال خود در قلعه قدیمی (که هم‌اکنون حسینیه ارشاد در مجموعه تاریخی مهرپادین است) مستحکم شدند و از تسلیم شدن امتناع کردند. مهاجمان با سوء استفاده از ایمان دینی مردم، به جای قرآن مجید، به تکه‌ای آجر پیچیده در پارچه سوگند یاد کردند که در صورت تسلیم مردم آسیبی به جان و ناموس آن‌ها نرسانند. اما پس از خروج مردم از قلعه، مهاجمان به غارت و قتل‌عام گسترده‌ای دست زدند که آثار این کشتار در عملیات عمرانی چند دهه پیش در محل موسوم به «کشته خانه» دیده شده است. آنها همه را کشتند حتی بچه ها را فقط یک بچه باقی ماند چون آن افغانی که می خواست او را بکشد انداختش بالا که برای تفریح در هوا و زمین بکشد ولی بچه خندید و افغانی دلش سوخت و نکشتش او را برد. آن بچه وقتی بزرگ شد فهمید وطن اصلی اش مهریز است، آمد و دوباره آن را آباد کرد.

زیارتگاه سید غیاث الدین در شهر مهریز این بنا دارای یک گنبد به قطر 16متر وارتفاع هشت متر و یک گلدسته به ارتفاع 25 متر است. تاریخ احداث این بنا به  570 هجری قمری می رسد، که در سال 1330 هجری شمسی بازسازی شد. به احتمال زیاد این زیارتگاه با کشته خانه که در برخی از تاریخهای یزد آمده شباهت دارد.  این بنا سال‌های طولانی به صورت خرابه ای بود تا اینکه مردم در سال 1342 هجری شمسی به مرمت آن همت کرده  و در هنگام بازسازی و مرمت با تعداد کثیری از بقایای اجساد افرادی که احتمالاً قتل عام شده بودند، مواجه می‌شوند که آثار جراحت های گوناگون بر آنها مشهود بوده است، مثلا مچ زنان را به خاطر در آوردن النگو و طلای دستشان قطع کرده بودند. در وسط بقعه صورت قبری وجود دارد که اطرافش کاشی کاری شده، و قبل از مرمت یک متر آن زیر خاک بوده است. حدود دهه 400 ه.ش در جریان مرمت امام زاده اسکلت ها و اجساد به محل فعلی (پشت دیوار مسجد جامع) انتقال داده می شود. در مراحل عملیات خاکبرداری که به منظور توسعه و عمران مجموعه در سال های اخیر صورت پذیرفته بود، مقداری اجساد کشف شد که برخی از آنها هنوز لباس بر تن داشتند و مجدداً دفن گردیدند.