محمدتقی خان بافقی (زاده ۱۰۹۵ - درگذشته ۱۱۷۷ هجری قمری) سرسلسله خوانین یزد و حاکم یزد در اواخر دوره افشار، دوره زند و اوایل قاجار بود که حدود ۵۲ سال حکومت یزد را برعهده داشت. او فرزند میرزا محمدباقر بافقی بود و در واقعه قتل داییشان عنایت سلطان بافقی به همراه برادرش به اصفهان رفت. بزرگان یزد به دلیل نارضایتی از حکومت علم خان، او را به عنوان حاکم یزد دعوت کردند. محمدتقی خان با حمایت سپاهیان بافقی، علم خان را شکست داد و سلسله خوانین یزد را پایهگذاری کرد و از شاهرخ افشاری حکم گرفت.
در سال ۱۱۷۰ مهشیدی، کریم خان زند سپاهی برای حمله به یزد فرستاد اما محمدتقی خان با استقبال کریم خان در باغ دولتآباد مواجه شد و بعدها با دستور او علیه محمدحسن خان قاجار که شورشی بود، وارد عمل شد و پس از سرکوب شورش، حکومت یزد را دوباره به دست گرفت. آقا محمدخان قاجار نیز در کشورگشاییاش تلاش کرد یزد را تصرف کند که به دلیل مقاومت محمدتقی خان موفق نشد.
محمدتقی خان افرادی با مهارت سیاسی، اما ظاهری مذهبی و در باطن حیلهگر و زورگو بود. او در دفاع از مرزهای یزد موفق بود اما در جنگها ترسو به شمار میرفت. وی آثار تاریخی مهمی در یزد به جا گذاشت، از جمله بازار قیصریه، باغ دولتآباد، بازار و میدان خان، مدرسه خان، حمام خان، باغ گلشن و باغ تیتو. محمدتقی خان در سن ۸۲ سالگی بر اثر کهولت سن درگذشت.