مسجد ملا اسماعیل یزد، یکی از بناهای تاریخی و مذهبی برجسته دوره قاجار است که در سال ۱۱۸۶ هجری شمسی به همت آخوند ملا محمد اسماعیل عقدایی، از علمای برجسته قرن سیزدهم، بنا شده است. این مسجد که در اصل مجموعه‌ای شامل مسجد و مدرسه بوده، امروزه تنها در ورودی مدرسه آن باقی مانده است. مسجد ملا اسماعیل در جنوب میدان بازار خان یزد واقع شده و به خاطر ایوان بلند و شبستان ۳۲ ستونه‌اش از همان ابتدا شهرت یافته است. محراب این مسجد نیز به دلیل شهادت آیت‌الله محمد صدوقی هنگام اقامه نماز جمعه، به یادگار مانده و در میان مردم بسیار معروف است.
قدیمی‌های منطقه معتقدند که قبله مسجد با دقت بسیار بالایی تعیین شده و در بنا چندین سنگ‌لوحه با خطوط نستعلیق و نسخ و همچنین یک کتیبه آبی‌رنگ بر زمینه سفید گچی دیده می‌شود که از نمونه‌های برجسته هنر معماری و تاریخی این مسجد به شمار می‌روند. مسجد ملا اسماعیل در تاریخ ۵ دی ۱۳۵۲ با شماره ثبت ۹۶۴ به عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
این مسجد پس از مسجد جامع یزد و مسجد امیرچخماق، سومین مسجد مهم و مشهور شهر یزد محسوب می‌شود و از نظر معماری شباهت‌هایی به مسجد امیرچخماق دارد. در کنار مسجد، بازارچه و آب‌انباری به همین نام وجود دارد که به نام مسجد ملا اسماعیل شناخته می‌شوند. ورودی اصلی مسجد از سمت بازارچه است و در کنار آن کتیبه‌ها و وقف‌نامه‌هایی قرار دارد که قدمت و اصالت بنا را به خوبی نشان می‌دهند.
داخل مسجد، صحنی بزرگ و دوطبقه به سبک قجری وجود دارد که با حوضی طویل در مرکز و باغچه‌ها و درختان سرسبز احاطه شده است. این فضای آرامش‌بخش از آب قنات تغذیه می‌کند. روبروی ایوان بلند مسجد، شبستان گنبدی با ستون‌های باشکوه و بادگیری بلند قرار دارد که درهای شبستان و حجره‌ها به آن باز می‌شوند. مسجد از نوع مساجد یک ایوانی است و مصالح اصلی آن آجر، خشت خام، ملات گل و گچ می‌باشد. سردرها، غرفه‌ها و کتیبه‌های دور گنبد از تزئینات خاصی برخوردارند و سایر بخش‌ها مانند گنبد دوپوشه پیازی، حوض‌خانه ستون‌دار با درهای ارسی، صفه‌های قرینه‌سازی شده و دالان‌های زیبا، نمونه‌هایی از شاهکارهای معماری قرن سیزدهم هجری شمسی هستند.
هر ساله در روز سیزدهم محرم، مراسم عزاداری و سینه‌زنی با شکوهی در مسجد برگزار می‌شود که از نقاط مختلف شهر یزد مردم در آن شرکت می‌کنند و این مراسم در میان یزدی‌ها از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است.
کتیبه‌های تاریخی مسجد ملا اسماعیل: کتیبه کاشی با سوره «انا فتحنا...» به رنگ سفید روی زمینه لاجوردی دور گنبد، ردیف کاشی‌های سفید طلایی با آیه «و اذكر فی الكتاب انه كان صادق الوعد» بر ورودی شبستان، سنگ مرمر سفید سردر مسجد با تاریخ ۱۲۲۷ هـ.ق (۱۱۹۱ هـ.ش) و عهد فتحعلی‌شاه قاجار، کتیبه‌های روی در حجره‌ها با متن «قال محمد رسول‌الله انا مدینه العلم و علی بابها»، وقف‌نامه‌ای روی سنگ سیاه در سمت چپ ورودی مسجد که تاریخ و توضیحات دوره قاجری را نشان می‌دهد.
ملا محمد اسماعیل عقدایی یزدی، معروف به آخوند ملا اسماعیل، فرزند عبدالملک بن اصلان خان تبریزی است که در عقدای اردکان در سال‌های ۱۱۱۹ یا ۱۱۲۰ هجری شمسی به دنیا آمد. وی در جوانی به حوزه علمیه نجف رفت و دروس فقه، اصول و عرفان را فراگرفت. پس از بازگشت به یزد در سال ۱۱۷۲ هـ.ش، به تدریس و صدور فتوا پرداخت و آثار متعددی از جمله «نورالعارفین» و «الحسن و القبح» را تألیف کرد. آخوند ملا اسماعیل در سال ۱۲۰۳ هـ.ش درگذشت و در مقبره‌ای نزدیک مسجد ملا اسماعیل به خاک سپرده شده است.
در اطراف مسجد ملا اسماعیل یزد چندین مکان دیدنی تاریخی و فرهنگی وجود دارد که بازدید از آن‌ها تجربه سفر شما را کامل‌تر می‌کند؛ حمام خان، مجموعه امیرچخماق، بازار خان و گنجینه فرهنگ و هنر یزد از جمله این مکان‌ها هستند.
آدرس مسجد:
یزد، جنوب میدان بازار خان، خیابان بازارچه ملا اسماعیل، مسجد ملا اسماعیل