رودخانه شور بهاباد تنها رودخانه دائمی شهرستان بهاباد و استان یزد است که طول آن حدود ۱۱ کیلومتر میباشد. این رودخانه از کوههای آسفیچ و بنستان سرچشمه میگیرد و به سمت شمال دشت کویر امتداد دارد. عرض رودخانه در بخشهای مختلف به دلیل تغییرات ژئومورفولوژیکی متفاوت است و در برخی نقاط تا ۵۰ متر نیز میرسد. آبدهی متوسط آن حدود ۸۵ لیتر در ثانیه است و به صورت دائمی جریان دارد.
رودخانه شور بهاباد به دلیل مجاورت با منطقه شکار ممنوع کمکی، دارای تنوع زیستی بالایی است و زیستگاه دائمی پرندگان آبزی و کنارآبزی به شمار میرود که تعداد آنها به بیش از ۵۰۰۰ قطعه میرسد. این رودخانه همچنین زیستگاه گونههای جانوری نادر و در معرض انقراض مانند هوبره و زاغ بور است. پوشش گیاهی اطراف رودخانه شامل گونههای شورپسند و گیاهان خاص کویری است که به حفظ اکوسیستم حساس منطقه کمک میکند.
این رودخانه به دلیل جریان یافتن آب در دل خاک شور منطقه، نام "شور" را به خود گرفته است و از نظر زمینشناسی و زیستمحیطی اهمیت فراوانی دارد. همچنین رودخانه شور بهاباد به شماره ۹۶۲ در فهرست آثار طبیعی ملی ایران ثبت شده است.
رودخانه شور علاوه بر اهمیت زیستمحیطی، جاذبهای طبیعی و گردشگری برای منطقه به شمار میرود و سالانه گردشگران زیادی برای مشاهده مناظر طبیعی، پرندگان و تجربه کویرگردی به این منطقه سفر میکنند. مسیرهای اطراف رودخانه برای کویرنوردی و طبیعتگردی مناسب است و آسمان صاف و پرستاره منطقه، تجربهای بینظیر از شبنشینی در کویر را فراهم میآورد.